Saremo uno studente ingiustamente accusato di aggressione, che per questo viene trasferito, sotto libertà vigilata, a Tokio. Qui frequenteremo la Shujin Academy e faremo la conoscenza dei compagni che ci seguiranno durante la nostra avventura. Insieme a loro scopriremo il nostro potere, i Personae i quali ci aiuteranno nel mondo cognitivo, creato dal desiderio forte e distorto degli adulti.